上海海洋大学与自然资源部东海局共建的自然资源部海洋生态监测与修复技术重点实验室于2021年11月23日启动。该实验室于2020年1月7日正式成立，是2019年自然资源部统一对原部属重点实验室进行评估，并进一步优化整合后，由原赤潮灾害立体监测技术与应用重点实验室转变而来。

实验室对接自然资源部的海洋生态预警监测、生态保护与修复、海洋生态补偿等职责，针对典型海岸带生态系统（河口和海湾等）、海岛生态系统和海洋生态灾害，基于长周期定位监测，重点开展生态监测与预警、生态损害评估、生态修复与生态补偿关键理论和核心技术研究。

共建实验室启动后，上海海洋大学以海洋科学与生态环境学院为主体组建东海生态环境演变机制研究团队，以海洋生态与环境学院为主体组建近海生态修复技术研究团队。共建东海海洋监测系统:利用卫星遥感和自主研发浮标、潜标等技术手段，建立长江口附近海域水文、水质和生态监测系统；航次共享：双方可共同依托淞航号和东海局调查船航次，在各自原有任务基础上，共同设计航次计划，充分发挥航次的效；共同研发自主海洋灾害预警报模型和系统：自主开发生态动力学模型，研究东海生态环境演变规律，揭示其演变机制；联合研发东海海洋生态保护和修复创新技术：研究海洋生态灾害（绿潮、金潮和赤潮等）的暴发机制、防控技术和灾害损失评估技术，基于物理、化学和生物过程研发环境生态治理和修复工程技术。