2001年，上海海洋大学为了加强水域环境研究力量，成立了“水域环境研究中心”，2006年改名为“水域环境生态工程研究中心”，2008年被上海市教委批准为“水域环境生态上海高校工程研究中心”。

本工程研究中心开展的科学技术研究与国家需求紧密结合，“十一五”和“十二五”期间，已承担了国家水专项课题（6项）、国家海洋局科研项目课题（6项）、国家863项目（5项）、国家自然科学基金（5个）、国家科技支撑计划项目（1项）、国家科委与上海科委世博专项（1个）、上海市科委项目（10多项）等70多项纵向课题和200多项横向工程项目，总经费超过了1亿多元。发表论文600多篇，其中SCI论文80多篇，获国家专利60多项，正在申报30多项。先后获得了2010年度国家海洋局海洋创新成果二等奖（养殖海区大型海藻生态修复产业链研究与应用）、2013年上海市科技进步一等奖（涉海工程生物影响与修复技术）（第5名）、2005年上海市科技进步二等奖（紫菜栽培、加工、出口产业链的开发）、2009年度上海市科技进步二等奖（富营养化水域生态修复与控藻工程技术研究与应用）、2011年度上海市科技进步二等奖（上海世博园水体生态景观系统关键技术研究与应用）、2010年度上海优秀工程咨询成果二等奖、2009年度、2015年度上海市研究生优秀成果（博士学位论文）奖，以及美国景观设计2010年度最高奖---综合景观设计杰出奖和西班牙2010年度最佳景观奖。

本工程研究中心主要依靠海洋生态与环境学院的骨干师资力量，已形成了3个主要研究方向：1、水域环境监测与生态安全评估研究，主要包括海洋与内陆水域生态环境监测与评价、海洋生物灾害监测与防控、海洋遥感监测研究室3个功能实验室；2、水域生态修复与生态景观工程研究，主要包括近海与内陆水域生态系统与分子生态、生态修复工程、生态景观工程3个工程实验室；3、水域生态装备与产业化研究，主要包括水源保护区保护工程、近海与内陆水域生态修复装备、水生生物资源化利用实验室。

经过3-5年建设，中心将创建一支在国内外海洋与内陆水域环境生态领域具有一定知名度创新科学和工程技术研究团队，成为我校水域生态修复工程技术研发的重要产学研基地，努力升为国家级的“水域环境生态工程研究中心”。