基于学校关于“学科-专业-学位点”三局同布的构想，学院以生态学、环境科学与工程这两大学科为建设主线，同时支撑我校“水产学”一流学科和“海洋科学”高原学科两大优势学科的发展。

生态学科下设生态学本科专业，并同布生态学一级学科硕士点，行政上对应生态系；环境科学与工程学科下设环境科学、环境工程两个本科专业，并同布环境科学与工程一级学科硕士点，行政上对应环境系。学院除了重点建设生态、环境2个学科之外，同时支撑海洋科学博士点和水产学一流学科的建设；学院在生态学和环境科学与工程两个一级学科硕士点招生外，还在海洋科学一级学科硕士和博士点招收、培养研究生。

在科学研究方面，学院重点聚焦近海环境与生态修复、水域环境与生态工程等领域，培育极地和深远海环境与生态等研究方向，到2020年初步形成具有特色的海洋生态与环境学科体系，2025年力争将我校海洋生态与环境学科建成在国内外同类学科中具有一定影响力的学科。